ساختمان اصلی موزه شهدا در نیمه دوم سال1375، در زمینی به مساحت 800 مترمربع و با زیر بنایی حدود 2400 مترمربع بنا شد. این موزه وابسته به بنیاد شهید است و آثاری چون عکس، وصیت نامه، دفترچه خاطرات، مدارک تحصیلی و مسئولیتی، سجاده، قرآن، تسبیح، قلم‌کاری، عینک مطالعه، نوار سخنرانی، مقالات، کتاب‌ها و آثار هنری 700 شهید در آن موجود است. آثار 400 شهید در غرفه‌ها و بقیه در آرشیو نگه داری میشود.
غرفه آرایی موزه گاه‌به‌گاه تجدید میشود. آثار شهیدانی چون مرتضی آوینی، حسین فهمیده و... در این موزه موجود است. بازدیدکنندگان به دو صورت انفرادی و گروهی از موزه بازدید میکنند و برای آنها ابتدا فیلم مستندی پخش میشود، سپس برای آشنایی بیش‌تر با سال‌های دفاع و جنگ توضیحاتی داده میشود.
در این موزه فعالیت‌های دیگری از جمله برگزاری نمایشگاه به مناسبت‌های مختلف در داخل موزه یا در فرهنگ سراها، دانشگاه‌ها، پایگاه‌های بسیج و ادارات انجام میشود. شعبه‌های دیگر موزه شهدا در بهشت‌زهرا، امام‌زاده‌اکبر چیذر، ورامین ، کرج و در سایر استان‌ها و شهرستان‌ها مانند کرمانشاه، زنجان، قزوین، چهار محال و بختیاری، اصفهان، سیستان و بلوچستان، بیرجند، تنکابن، تبریز و مسجدجمکران قم تأسیس شده‌است.
بازدید از این موزه رایگان است و بازدید کنندگان می توانند همه روزه از ساعت 8 صبح الی17 از موزه بازدید کنند.